Originariamente gli Orti dei Semplici sono nati per lo studio delle piante medicinali, in particolare quando la Botanica iniziò a staccarsi dalla Medicina pratica divenendo una materia a sé stante. Un Orto Medico già esisteva fin dalla nascita dell’Ospedale e quindi, insieme alla Scuola e alla Spezieria, si può individuare tale Orto come il “seme” più antico di tutti gli Orti dei Semplici accademici da cui è partita l’evoluzione della ricerca farmacologica, in stretta connessione con l’antica spezieria che utilizzava proprio le piante medicinali che venivano coltivate in un pezzo di terreno adiacente alla “Croce ospedaliera”. In questo stesso pezzo di terreno, ora denominato “Chiostro delle Medicherie”, è stato ricostruito l’antico Orto Medico di Santa Maria Nuova.
Alcune piante di questo Orto Medico sono state scelte per sottolineare la relazione di Santa Maria Nuova con altre istituzioni ospedaliere, come il Sedum telephium che la lega alla spezieria dell’abbazia di Vallombrosa. Altre piante sono state scelte per il loro intenso uso che ne veniva fatto al tempo come la Piantaggine. Altre riportano ad antichissime preparazioni monastiche come l’Arancio amaro, il Semprevivo, l’Agnocasto. Molte delle piante scelte entravano nella composizione della Teriaca (Aneto) o di molti Elettuari preparati dalla spezieria di Santa Maria Nuova. Infine, altre piante sono state scelte per la loro valenza magica, come la Mandragora, o altamente religiosa come la Salvia, altre come piante della tradizione popolare come la Vinca.
